ระยะเวลาในการประเมินอากร จะเกิดขึ้นเมื่อพบว่ามีการเสียอากรไม่ครบถ้วนตามที่ควรจะเป็น เจ้าหน้าที่จึงทำการประเมินอากรเพื่อให้ผู้นำเข้าหรือผู้ส่งออกมาชำระค่าอากรให้ครบถ้วน ทั้งนี้ระยะเวลาการประเมินอากรแบ่งออกเป็นแบ่งออกเป็น 3 ส่วนคือ
1.เมื่อพบว่ามีการเสียอากรไม่ครบถ้วน เจ้าหน้าที่ต้องประเมินภายใน 3 ปีนับแต่ได้ยื่นใบขนสินค้า
2. ถ้ามีเหตุจำเป็นขยายเพิ่มได้อีก 2 ปี ดังนั้นเมื่อรวมข้อแรกแล้วจะรวมเป็น 5 ปี
3. หากมีเจตนาฉ้ออากร จะมีอำนาจประเมินอีก 5 ปี รวมทั้งสิ้นเป็น 10 ปี
เมื่อผู้นำเข้าได้แบบแจ้งแล้วต้องชำระภายใน 30 วัน
มาตรา ๑๙ พระราชบัญญัติศุลกากร พ.ศ.2560 บัญญัติว่า “เมื่อพบว่าผู้มีหน้าที่เสียอากรไม่เสียอากรหรือเสียอากรไม่ครบถ้วน ให้พนักงานศุลกากรมีอำนาจประเมินอากรตามพระราชบัญญัตินี้และตามกฎหมายว่าด้วยพิกัดอัตราศุลกากร
การประเมินอากรตามวรรคหนึ่ง ให้ดำเนินการได้ภายในกำหนดสามปีนับแต่วันที่ได้ยื่นใบขนสินค้าเว้นแต่กรณีมีเหตุจำเป็นไม่อาจประเมินอากรได้ภายในกำหนดเวลาดังกล่าว ให้ขอขยายระยะเวลาต่ออธิบดีได้อีกไม่เกินสองปี
ในกรณีที่ปรากฏหลักฐานที่อธิบดีเชื่อได้ว่าผู้มีหน้าที่เสียอากรมีเจตนาในการฉ้ออากรให้พนักงานศุลกากรมีอำนาจประเมินอากรได้อีกภายในกำหนดห้าปีนับแต่วันที่พ้นกำหนดระยะเวลาตามวรรคสอง”
มาตรา ๒๐ พระราชบัญญัติศุลกากร พ.ศ.2560 บัญญัติว่า “เมื่อประเมินอากรแล้ว ให้พนักงานศุลกากรส่งแบบแจ้งการประเมินอากรให้แก่ผู้นำของเข้าหรือผู้ส่งของออกภายในกำหนดเจ็ดวันนับแต่วันที่ประเมินอากรเสร็จ ทั้งนี้ ตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่อธิบดีประกาศกำหนด
ผู้นำของเข้าหรือผู้ส่งของออกต้องเสียอากรให้ครบถ้วนภายในกำหนดสามสิบวันนับแต่วันที่ได้รับแบบแจ้งการประเมินอากรนั้น”